进口转关运输货物程序如下：
（1）进口货物的收货人或其代理人应自运输工具申报进境之日起14天内向进境地海关申报转关运输。
（2）申报货物转关运输时，进口货物的收货人或代理人应填制《中华人民共和国海关进口转关运输货物申报单》（以下简称《申报单》），将数据录人海关计算机报关自动化系统，并打印成正式的《申报单》一式三份。
（3）进口货物的收货人或其代理人应如实向海关申报，并递交《申报单》、指运地海关签发的《进口转关运输货物联系单》，随附有关批准证件和货运、商业单证（如货物的提单或运单、发票、装箱单等）。
（4）进口货物的收货人或代理人申请办理属于申领进口许可证或《自动进口许可证》的转关运输货物，应事先向指运地海关交验进口许可证（自动登记证明），经审核后，由指运地海关核发进口转关运输货物联系单，并将封交申请人带交进境地海关。
（5）进境地海关在接受进口货物收货人或代理人申报递交的有关单证后进行核对，核准后，要将上述有关单证制作关封交进口货物的收货人或其代理人。
（6）进口货物的收货人或其代理人要按海关指定的路线负责将进口货物在规定的时限内运到指运地海关，向指运地海关交验进境地海关签发的关封，并应在货物运至指运地海关之日起14日内向指运地海关办理报关、纳税手续。
（7）指运地海关在办理了转关运输货物的进口手续后，按规定向进境地海关退寄回执，以示进口转关运输货物监管工作的完结。
（8）来往港澳地区进境车辆装载的转关运输货物，由车辆驾驶人员向进境地海关交验《载货清单》一式三份，并随附有关货运、商业单证，进境地海关审核后制作关封交申请人带交指运地海关，由指运地海关负责办理该车辆及所载货物的监管手续。
（9）保税仓库之间的货物转关手续，除办理正常的货物进出保税仓库的手续外，亦按上述（1）－（7）的程序办理手续。但在填报《申报单》时，在“指运地”一栏应填写货物将要存人的保税仓库名称。
（10）空运转关运输货物的转关手续，当指运地与运单的目的地是相同时，可免填《申报单》，海关可不签发关封，由海关在运单上加盖“海关监管货物”印章。指运地与运单目的地不同时，仍按上述（1）－（7）的程序办理通关手续。
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